Cha anh, ông Hamlet Mkhitaryan cũng từng là một danh thủ của FC Ararat Yereven trong những năm 1980. Đáng tiếc, ông sớm qua đời ở tuổi 33 vì căn bệnh u não. Chính cái chết của cha anh đã ảnh hưởng đến Mkhitaryan rất nhiều. Trong khi đó, mẹ anh - bà Marina Taschyan hiện đang là người đứng đầu phòng các Đội tuyển quốc gia của Liên đoàn bóng đá Armenia, trong khi chị gái Monika Mkhitaryan đang làm việc tại trụ sở UEFA.[102][103]

Không chỉ là một cầu thủ xuất sắc, Mkhitaryan còn được biết đến là một nhà thông thái. Anh thành thạo 6 ngoại ngữ là Anh, Pháp, Đức, Bồ Đào Nha, Nga và Ý. Anh chia sẻ, nếu không trở thành cầu thủ bóng đá, anh sẽ theo nghiệp viết lách. Ngoài ra, anh có bằng Đại học ngành Thể dục thể thao, đang học Kinh tế theo diện bán thời gian ở St Petersburg và dự định trở thành luật gia sau khi chia tay nghiệp quần đùi áo số.[9][104][105][106][107][108][109]

Nếu anh không phải là một cầu thủ bóng đá, Mkhitaryan tuyên bố rằng anh sẽ phát triển thành một viên động viên chạy nước rút.[110]

Ngày 28 tháng 5 năm 2017, Mkhitaryan được Tổng thống Armenia trao tặng huân chương hạng nhất vì những cống hiến to lớn trong thể thao.[111][112][113]